Княжеский комплекс располагался западнее и севернее церкви, а за ее алтарем располагалось общедоступное кладбище. Помимо княжеского жилого комплекса было два подсобных двора: житный и конюшенный. В первом хранились всевозможные припасы, потому что надо было кормить сотни людей, которые приезжали, а во втором стояли лошади. Это была своеобразная парковка того времени, и, вероятно, она располагалась севернее шатровой колокольни, на пустыре по улице Дмитрия Донского.

Есть реконструкция комплекса, напечатанная в журнале «Архитектурное наследство». Архитектор Михайловский попытался по описанию в Писцовой книге воссоздать внешний вид дворца. Теперь мы представляем, как он выглядел и где были отдельные хоромы для князя, княгини и княжичей. Правда, в то время он уже был в ветхом состоянии, царь давно не приезжал. Там потом жила Марина Мнишек с лета 1611 до лета 1612 года, и для нее как для коронованной царицы дворец, несомненно, обновили. Жила она достаточно пышно, «а чины у нее были царьския все: бояре и дворяне, и дети боярские, и стольники, и чашники, и ключники... А писалася «царицею» ко всем боярам и воеводам».

Затем дворец начал ветшать, потому что после избрания Романовых русские цари в XVII веке уже не приезжали в Коломну. Со временем дворец полностью разрушился, и на планах XVIII века на его месте обозначен пустырь. Эти земли, примерно гектар, числились за Екатериной II.