Коломенская епархия была основана в конце 1352 – начале 1353 года митрополитом Феогностом и великим князем Симеоном Гордым. До 1799 гг. на месте монастыря находилась архиерейская резиденция. В 1682-1704 гг. здесь были возведены архиерейские палаты с домовой церковью преподобного Сергия Радонежского. В 1705 г. построена  крестовая церковь Святой Троицы. В 1723 г. учреждена архиерейская школа, преобразованная в семинарию. В 1799 г. указом императора Павла I Коломенская епархия была  упразднена.  Епископская кафедра и семинария переведены  в  г. Тулу.

В 1800 г. на месте архиерейской резиденции был основан Свято-Троицкий Ново-Голутвин мужской монастырь. В 1823 г. выстроена кирпичная домовая церковь преподобного Сергия Радонежского (позднее освящена во имя Покрова Божией Матери). В 1825 г. возведена 55-метровая колокольня. При монастыре открыты народное училище и церковно-приходская школа.

В 1919 г. монастырь был закрыт, имущество национализировано.

Корпуса монастыря перешли в собственность государства и сдавались под жилье. Церковь Троицы арендовала швейно-ремонтная артель, затем использовалась под склад гражданской обороны. Покровская церковь сдавалась в аренду мастерской «Мособлхудожфонда».

29 декабря 1988 г. на заседании Совета по делам религий при Совмине СССР принято решение о передаче Ново-Голутвина монастыря Русской православной церкви для организации женской монашеской общины. Настоятельницей монастыря стала игумения Ксения (Зайцева).

15 февраля 1989 г. на Сретение было совершено первое богослужение в Троицком храме. В 1990 г. в подклете Троицкого храма митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием освящена церковь в честь блаженной Ксении Петербургской. 14 октября 1996 г. освящен Покровский храм.

В 2001 г. воздвигнута деревянная часовня в честь святого равноапостольного князя Владимира и великомученицы Анастасии Узорешительницы.

1 сентября 2010 г. Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий совершил чин великого освящения придела преподобного Сергия Радонежского в Покровском храме.

В 2021 году по распоряжению высокопреосвященнейшего Павла, митрополита Крутицкого и Коломенского, в связи с образованием Коломенской епархии, «братский корпус» Свято-Троицкого Ново-Голутвина монастыря перешел во временное пользование вновь образованному епархиальному управлению.